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Beim SEED-Faktor (wobei SEED für "Superior Evolutionary Element Destined-factor" steht) handelt es sich um eine kontrovers diskutierte aber noch unbewiesene Theorie über die nächste Stufe der menschlichen Evolution. Sowohl Coordinators als auch Naturals können über den SEED-Faktor verfügen, und die, die es tun, werden als nächste Stufe der Evolution angesehen. Dies scheint Ähnlichkeiten mit der Newtype-Theorie aus dem Universal Century aufzuweisen, aber die Fähigkeiten sind unterschiedlich und nicht zusammenhängend. Die SEED-Theorie ist nicht allgemein anerkannt, aber sowohl Ingenieur Erica Simmons von Orb als auch der Friedensaktivist und religiöse Führer Reverend Malchio sind Anhänger der Theorie.

Als SEED-Mode bezeichnet man die Fähigkeit eines Individuums, kurzfristig ein erweitertes Bewußsein und gesteigerte physische Möglichkeiten zu erlangen. In diesem Zustand zeigt die betroffene Person (normalerweise ein Mobile Suit-Pilot, aber nicht notwendigerweise) erhöhte Reflexe und Reaktionsfähigkeit und eine extrem beschleunigte Informationsverarbeitung. Der SEED-Mode wird normalerweise durch Extremsituationen ausgelöst, Traumas, Angstzustände, Wut oder der dringende Wunsch, jemanden zu beschützen

Visuell wird der SEED-Modus angezeigt, indem plötzlich ein Samen, der einem Edelstein ähnelt, von oben herunterfällt, in der Bildmitte aufspringt und in einem Lichtglanz explodiert. Die Farbe des Samens entspricht dabei der Augenfarbe der Person, die die Erfahrung macht. Die Pupille der Person wird daraufhin kleiner, die Iris größer. Wenn eine Persone in den SEED-Mode gelangt sind deren physiche und psychische Limits aufgehoben. Der ZAFT-Pilot Andrew Waltfeld hat den SEED-Mode mit dem Berserkern der Nordischen Sagen verglichen. Dieser Vergleich erscheint aber nicht korrekt, da Berserker über ein reduziertes und kein erweitertes Bewußtseins- und Kontrollniveau verfügen.

Der SEED-Mode kann auf zweifache Weise ausgelöst werden:

  • Die erste Methode ist, wenn eine Person vom Bedürfnis übermannt wird, ihre Freunde zu beschützen und den Feind zu überwältigen. Man sieht dann den Samen fallen und explodieren.
  • Die zweite Methode tritt auf, wenn ein Individuum mit bsonderer Determination in den Kampf zieht. Der SEED-Mode wird dann willentlich ausgelöst und von einem sich drehenden Samen dargestellt, der explodiert.

 Kira Yamato und Cagalli Yula Athha gelangen in den SEED-Mode auf die erste Weise in GS, in GSD wird diese Mehode nie angewandt. Athrun Zala gelangt immer auf die zweite Weise in den SEED-Mode, und ebenfalls Kira, nachdem ihm klar geworden ist, wofür er kämpft und nachdem er von Athrun besiegt wurde.Im Laufe der zweiten Schlacht von Jachin Due gelangt auch Lacus Clyne in den SEED-Mode, nach einem längeren philosophischen Monolog über die Gründe von Krieg und Tod. Während der Schlacht von Messiah erlangt sie diesen Bewußtseinsstatus erneut und kann dadurch Kira wahrnehmen.

In den SEED-Mode kann man nur gelangen, wenn man starke Überzeugungen hat, in den Kampf zu gehen und sich voll für die Sache einsetzt. Deshalb sind weder Athrun noch Cagalli in GSD imstande, in den SEED-Mode SEED zu gelangen, da er an den Motiven der ZAFT für einen weiteren Krieg zweifelt, Cagalli aber sich nicht sicher ist, ob ihr Interventionismus für die Emirate von orb die beste Lösung sind. Kira hingegen ist die ganze Serie von siener Mission überzeugt und kann daher den SEED-Mode uneingeschränkt erreichen.

Der SEED-Faktor ist augenscheinlich nicht auf die Coordinators beschränkt, auch wenn fast nur Coordinator über ihn verfügen. Dies erklärt sich aber aus der Vorliebe der Drehbuchautoren für die Coordinator. Cagalli Yula Athha ist laut Aussage von Lord Uzumi ein Natural. Ebenfalls wird ihre Mutter mit Schwangeschaftsbauch gezeigt, während Kira in einer künstlichen Gebärmutter gezeugt wurde. Es ist jedoch nicht auszuschließen, dass aufgrund der Tatsache, daß sie und Kira Zwillinge sind, auch ihr eine bestimmte genetische Manipulation zuteil wurde.